Yeniçeri Kethüdası Behram Paşa tarafından, takvimler 1589 senesini gösterdiğinde inşa edilen Yeni Cami o dönemin en önemli yapıları arasında yer almaktadır. Cami tek başına inşa edilmemiş, bir külliye formunda oluşturulmuştur. Etrafında dükkanlar, medrese, şadırvan ve Bimarhane bulunmaktadır. 1914 senesinde çıkan yangında bu yapıların bir kısmı yandığı için günümüze yalnızca cami ve dükkanlar ulaşmıştır.

Caminin günümüzde sahip olduğu görüntü ilk günkü görüntüsü değil. Kayıtlar incelendiğinde caminin 1665, 1887 ve 1961 senelerinde bir onarımdan geçtiği görülüyor. Onarımlardan bazıları küçük değişiklikler olurken bazıları görüntüde ciddi farklılıklara yol açan onarımlar.

Kesme taş kullanılarak oluşturulan cami kare formunda bir yapıdır. Aynı bölgede yer alan Ulu Cami’den sonra en büyük ibadet alanına sahip olan cami olma özelliğindedir. İbadet alanının üzerinde yer alan kubbe belirli dönemlerde güçlendirilmiştir. Güçlendirme işlemleri kapsamında Yeni Cami kubbesi kurşun ile kaplanmıştır.

Caminin içerisinde yer alan motifler son derece özeldir. Motifler 1597 senesinde Kasımpaşalı Osman tarafından işlenmiştir. Bu bilgi caminin içerisinde yer alan sütunlardan bir tanesinin üzerine bilezik olarak işlenmiştir.