Selçuk Kalesi’nin de yer aldığı Ayasuluk Tepesi’nin güney bölgesinde bulunan St. Jean Bazilikası 6. yüzyılda Bizans İmparatoru Iustinianus tarafından, Aziz St. Jean adına, bölgede bulunan kalıntıların üzerine inşa edilmiştir.

St. Aziz Jean MS. 37-42 yıllarında Anadolu topraklarına gelerek burada Hristiyanlığı yaymak için çaba göstermiştir. Anadolu’da gezerek insanlarla konuşan Jean bir süre sonra bugünkü yapıdan önce bölgede bulunan kilisenin başına geçmiştir. Vasiyeti kiliseye gömülmektir ve vasiyeti yerine getirilir. Ancak kilise yıllar geçtikçe kullanılamaz bir hale gelir ve ardından 527 ile 565 yılları arasında Bizans İmparatoru Iustinianus tarafından yeniden inşa edilir.

Kilisenin yapıldığı dönemde bölgede Arap saldırıları olduğundan kilisenin zarar görmemesi istenmiş ve etrafı sur ile çevrilmiştir. Kilisenin etrafında yer alan surun üzerinde 20 adet kule bulunur. St. Jean Bazilikası giriş kapısı son derece görkemlidir. İnşa edildiği dönemden günümüze kadar ulaşmayı başarmıştır. Kilisenin içi son derece geniştir. Kilisenin arka kısmında da bir hazine binası yer alır. Ancak 10. yüzyıldan sonra bu kısım şapele çevrilmiştir.