Antik Ephesos kentinin sınırları içerisinde bulunan Konsül Kilisesi Bizans hamamlarının tam karşısında yer almaktadır. Kiliseye ulaşmak için antik kente giriş yapıldıktan sonra batıya doğru uzanan yolda ilerlenmesi gerekir.

Kilisenin yapılış tarihi hakkında kesin bir bilgi bulunmaz. Bölgede elde edilen bulgulara göre kilise MS 2. yüzyılda, İmparator Hadrianus döneminde inşa edilen bir yapının üzerine, Bizans döneminde, bazilika olarak inşa edilmiştir. İnşa edilirken Meryem Ana’ya adanan kilisede 431 ile 438 yılları arasında konsül toplantıları yapılmıştır. Kilisede 431. Konsül toplanmış ve Hz. Meryem’in Tanrının annesi olduğu kabul edilmiştir.

Yapı üzerinde incelemeler bulunan J. Keil yıkılan yapıyı Mousion olarak tanımlarken E. Reisch yapının bir borsa binası olduğunu iddia etmiştir. Eski binadan kalıntıların üzerine inşa edilen kilise Aziz Markus adına izafe edilmiştir. 1904 senesinde bölgede yapılan kazılarda bir kitabe bulunmuş ve kitabede kilisenin Hz. Meryem’e izafe edildiği bilgisine rastlanmıştır.

Kilise inşası tamamlandıktan sonra yanına farklı bir kilise daha yapılmış ve iki kilisenin arasına rahatlıkla geçiş yapılabilen bir kapı konmuştur. Bu sebeple de Konsül Kilisesi aynı zamanda Çifte Kiliseler olarak da anılır.